Pondok Pesantren As-Syafi’iyyah adalah lembaga pendidikan Islam yang berdiri pada tahun 1961-an, yang didirikan oleh KH. Syafi’i. Pada awalnya, pesantren ini memakai sistem klasik/tradisonal (salaf) yang secara umum belum terprogram dengan baik dan sistematik. Metode yang digunakan saat itu, seorang guru (kiai) hanya mengajar ilmu-ilmu agama dengan sistem doktrinal/sorogan, dimana seorang guru menerangkan sementara para santri mencatat apa yang dijelaskan. Metode pembelajaran ini berlangsung hampir 20 tahun yang terpusa di musolla.
Saat itu, para santri dididik langsung oleh al-maghfurlah K.H. Syafi’i, dibantu oleh al-maghfurlah K.H. Abdulloh Shobari. Kemudian, jalan dakwah beliau berdua diteruskan oleh al-maghfurlah KH. Afandi Abdul Muin, sebagai penerus atau generasi pertama.
Sosok abah Afandi—panggilan umum KH. Afandi Abdul Mu’in—dikenal sebagai teladan yang telaten dan sabar dalam mengajar para santri. Pengembaraan intelektual abah Afandi dimulai dengan belajar pada kiai Abdul Mu’in yang tak lain orang tua beliau. Selepas itu, sekitar tahun 1950-an beliau melanjutkan pendidikan di Pondok Pesantren Babakan Ciwaringin Cirebon Jawa Barat, dibawah asuhan KH. Sanusi, kiai yang sangat kesohor pada zamannya. Kemudian pada tahun 1958, abah Afandi melanjutkan pendidikan di Pondok Pesantren Tebuireng Jombang, dan dua tahun setelahnya abah Afandi berlabuh di Pondok Pesantren Tambakberas Jombang, dibawah bimbingan KH. Wahab Hasbullah—sala-satu inisiator dan pendiri Nahdlatul Ulama (NU)—yang ketokohan dan kealiman beliau tidak diragukan lagi. Selain belajar di tiga pesantren diatas, abah Afandi juga dikenal sebagai santri kelana, sebab beliau tecatat beberapa kali ngaji dibeberapa pondok pesantren, seperti Pondok Pesantren Sarang Rembang dan Pondok Pesantren Kaliwungu Kendal.
Untuk membekali santri dengan wawasan yang lebih luas, Abah Afandi pada tahun 1984 membuka pendidikan formal setingkat SD/MI. Semula Madrasah ini bernama Madrasah Raudlotut Thalibin (MRT). Namun, atas dasar pertimbangan para dzurriyah (keluarga K.H. Syafi’i) untuk mengenang jasa sesepuh dan leluhur, maka nama tersebut diganti menjadi Madrasah As-Syafi’iyyah, yang diidentikan pada K.H. Syafi’i.
Abah Afandi berpulang (wafat) pada tahun 2016 silam, jasa dan kontribusi beliau dalam aktifitas dakwah dan pendidikan Islam telah melahirkan warisan keilmuan yang tak terhingga, diantaranya:
- Taman Kanak-Kanak (TK)
- Madrasah Ibitidaiyyah (MI/SD)
- Sekolah Menengah Pertama (SMP)
- Sekolah Menengah Kejuruan (SMK)
- Madrasan Al-Qur’an (konsentrasi pada Tahfiz al-Qur’an)
- Madrasah Diniyyah (Ula, Wustho, dan Ulya’)
- Majelis Taklim (Sabtu dan Senin)
- Pondok Pesantren
Semua unit pendidikan tersebut, berada dibawah naungan Yayasan Pondok Pesantren As-Syafi’iyyah yang berlamat di Jl. KH. Abdul Mu’in No. 15 A Kedungwungu Krangkeng Indramayu 45284 Jabar.